嵊州市生物多样性丰富。境内共有种子植物及蕨类植物1200多种，隶属106科。其中常见的木本植物86科600多种。有银杏、水杉、小勾儿茶、香榧树、七子花、春兰、蕙兰等国家重点保护植物23种。野生动物资源75科，300余种。有豹、猕猴、穿山甲、豺、白鹇、虎纹蛙等国家重点保护动物26种。